日本公司注册后每年的费用并不是一样的，而是依据公司类型、范围、业务规模和地域等因素有所不同。

首先，日本公司类型包含有限责任公司（LLC）、股份有限公司（Co.，Ltd.）和合伙制公司（Partnership），每种公司类型的年度费用都不同。LLC公司一般具有灵巧的管理构造和低成本，年度费用也相对较低。Co.，Ltd.公司则必需设立董事会、监事会和会计师事务所等职能部门，其年度费用相对较高。而合伙制公司则需要配合税务申报等过程可能会增长其他额外的费用。

其次，公司范围和业务规模对年度费用也有影响。例如，公司人数越多、持有资产价值越高、雇佣律师或会计师的费用等，将会使年度费用增长。

同时，如果公司的业务涉及特别行业或需要获得特别许可证，则可能需要支付额外的行业税或许可证费用。此外，地域的税率和税收政策也将影响公司的年度费用。在日本，东京地域的税负较高，大阪地域的税负则较低。

最后，公司在注册时，也需要支付一次性的注册费用。注册费用会随着公司类型和注册地域的不同而有所变化。此外，如果公司因为某些原因需要做出变更，则变更费用也需要额外支付。

总体来说，日本公司年度费用大概在10万日元至100万日元之间，如果公司范围较大或者业务涉及特别行业，则年度费用可能会远高于此数。因为每个公司的情形都是不同的，具体的费用需依据公司的具体情形而定。无论如何，在公司运营流程中，我们建议定期进行财务管理，并且及时向专业人士咨询税务和法律问题，以下降不必要的费用，确保公司良好经营。